АРХИВНЫЙ ФОНД Музея Архитектуры включает в себя несколько собраний: ведомственный архив музея, собрание личных архивов, фонд реставрационной документации и  обмеров, архив треста «Мособлстройреставрация» и личный фонд известного историка и реставратора П.Д. Барановского.

ВЕДОМСТВЕННЫЙ АРХИВ содержит делопроизводственную документацию Музея Архитектуры за 1964—1976 гг., а также фонды музеев-предшественников ГНИМА: Музея Академии архитектуры (1934—1963 гг.) и Музея Русской архитектуры им. А.В. Щусева (1945—1963 гг.). Эти уникальные, но мало исследованные документы отражают плодотворную и разностороннюю деятельность сотрудников этих музеев по изучению истории отечественной архитектуры и комплектованию фондов. Интереснейшие материалы названных архивных фондов практически не публиковались, до сих пор не было создано специального научного исследования по истории отечественных музеев архитектуры.

ФОНД ЛИЧНЫХ АРХИВОВ включает рисунки, эскизы, рукописи, переписку и личные документы деятелей русской архитектуры, среди которых архитекторы братья Веснины, Н.Д. Колли, В.Ф. Кринский, Н.С. Курдюков, И.П. Машков, М.А. Минкус, Л.В. Руднев, И.А. Фомин, Д.Н. Чечулин, А.В. Щусев, архитекторы-реставраторы Г.В. Алферова и Д.П. Сухов, искусствовед М.А. Ильин и  краевед А.Н. Ильин и многие другие. Документы личных фондов, охватывающие 1880—1990-е гг., являются важнейшим источником, раскрывающим творческие замыслы архитекторов, и содержат немало ценных и уникальных документов по истории русского и советского зодчества и по истории его отдельных школ и стилей.